أسس الإمام عبد الرحمن المهدي الحزب في فبراير/شباط 1945، وتأسس من مزيج من كيان الأنصار الذي يؤيد الفكرة المهدية, ومن بعض المثقفين القوميين الذين يطالبون باستقلال السودان.
وكان عبد الله خليل أول سكرتير عام يُنتخب للحزب، وفي عام 1950، انتخب الصديق المهدي ( والد الصادق المهدي) رئيسا للحزب.
تمكن الحزب في عام 1952 من تمرير قرار الحكم الذاتي من داخل الجمعية التشريعية. وتحقق الاستقلال عام 1956.
قُتل عدد كبير من أنصار الحزب في مجزرة المولد عام 1961، نتيجة معارضة الفريق ابراهيم العبود للحزب.
وعقب نجاح ثورة أكتوبر 1964 التي هزمت عبود، تم انتخاب الصادق المهدي رئيساً للحزب.
شارك حزب الأمة في "انتفاضة شعبان" في سبتمبر/أيلول 1973، ثم اشترك مع الحزب الاتحادي والإخوان المسلمين في الانتفاضة المسلحة في 2 يوليو/تموز 1976 واللتان فشلتا في إحداث أي تغيير في البلاد.
التقى الصادق المهدي الرئيس عمر البشير في جيبوتي في نوفمبر/تشرين الثاني 1999. وتم انتخاب الصادق المهدي مرة أخرى رئيساً للحزب في مارس/آذار 2009.
وبعد عودته للنشاط السياسي داخل السودان، وقع مع الحكومة اتفاقات، أهمها "برنامج التراضي الوطني" الذي انهار هو الآخر لاحقاً.