رفض زعيم تنظيم « القاعدة » أيمن الظواهري الاعتراف بشرعية تنظيم « داعش » وزعيمها أبو بكر البغدادي غير أنه قال إنه « لو كان في العراق أو سوريا لتعاون معهما ضد التحالف الذي يقوده الغرب ».
وفي تسجيل صوتي على الانترنت قال الظواهري « لا نعترف بهذه الخلافة ولا نراها خلافة على منهاج النبوة بل هي إمارة استيلاء بلا شورى ولا يلزم المسلمين مبايعتها ولا نرى أبا بكر البغدادي أهلا للخلافة. »
وتابع "لو كنت في العراق أو في الشام لتعاونت معهم في قتال الصليبيين والعلمانيين رغم عدم اعترافي بشرعية دولتهم ناهيك عن خلافتهم لأن الأمر أكبر مني ومن زعمهم إقامة الخلافة.